Анализ медицинских изображений в Python: Исследование медицинских изображений / Загрузка и визуализация
Для работы с DICOM файлами мы будем использовать библиотеку pydicom
. Для начала установим её.
pip install pydicom
Импортируем все необходимые для работы библиотеки
import pydicom # библиотека для работы с DICOM файлами
from matplotlib import cm # цветовые схемы для визуализации
from matplotlib import pyplot as plt # библиотека для визуализации
Первое, что мы сделаем это считаем файл, используя метод dcmread
. В качестве примера возьмём файл ID_01fe90211.dcm
example = 'stage_2_images/ID_01fe90211.dcm'
imagedata= pydicom.dcmread(example)
Отмечу, что в результате переменная imagedata
будет типа pydicom.dataset.FileDataset
, так как она содержит не только снимок, но и метаданные. Для доступа к снимку необходимо использовать pixel_array
Визуализируем снимок помощью matplotlib
и будем использовать plt.cm.bone
как цветовую схему для того, что бы наше картинки выглядела как рентген.
plt.figure(figsize=(12, 12))
plt.imshow(imagedata.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()
Результат будет такой:
Самостоятельная работа: уберите цветовую схему или попробуйте другие.
Ilyin.S 2 December 2022
тем, кто будет искать color maps для matplotlib: https://matplotlib.org/stable/tutorials/colors/colormaps.html