Step 2 of 3

DICOM

Для работы с DICOM файлами мы будем использовать библиотеку pydicom. Для начала установим её.

pip install pydicom

Импортируем все необходимые для работы библиотеки

import pydicom # библиотека для работы с DICOM файлами

from matplotlib import cm # цветовые схемы для визуализации
from matplotlib import pyplot as plt # библиотека для визуализации 

Первое, что мы сделаем это считаем файл, используя метод dcmread. В качестве примера возьмём файл ID_01fe90211.dcm

example = 'stage_2_images/ID_01fe90211.dcm'
imagedata= pydicom.dcmread(example)

Отмечу, что в результате переменная imagedata будет типа pydicom.dataset.FileDataset , так как она содержит не только снимок, но и метаданные. Для доступа к снимку необходимо использовать pixel_array Визуализируем снимок помощью matplotlib и будем использовать plt.cm.bone как цветовую схему для того, что бы наше картинки выглядела как рентген.

plt.figure(figsize=(12, 12))
plt.imshow(imagedata.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)
plt.show()

Результат будет такой:

Самостоятельная работа: уберите цветовую схему или попробуйте другие.